高头清真寺位于高头回族乡高头村西南隅，建于明朝嘉靖十九年（1541年），占地面积4567平方米。清乾隆、同治年间进行过两次规模较大的扩建。光绪二十八年(1902年)修葺时，大殿后节顶上加筑木楼，高约10米，木楼顶端安装有慈禧太后赏赐的琉璃宝瓶。（据说1900年八国联军入侵北京，慈禧太后和光绪皇帝仓皇出逃，途径昌平州西贯市，受到当地清真寺中乡老掌教菜万春等人的盛情款待。慈禧太后回宫后，念其“护驾”有功，特钦赐宝瓶给西贯村清真寺和高头清真寺。因为菜万春系高头人氏，故高头清真寺得此赏赐并得以从修。）1982年落地重修并对外开放。全寺由礼拜堂、南北讲堂、净浴室、殡仪室等部分组成，系当地穆斯林开展宗教活动的中心。

该清真寺坐西朝东。整个寺院气势宏伟，风格别致，建筑格局十分协调，是一座中国宫殿式和阿拉伯式建筑风格相结合的伊斯兰教清真寺。门楼高10米，上端镶嵌着“高头清真寺”五个楷书金字，四周是阿拉伯装饰风格的图案和饰纹大门两侧伫立一对石狮，显示了岁月的沧桑。主体礼拜寺，面积250平方米，可容500人的礼拜活动。大殿后节加筑高20米的木楼，殿顶雕刻和绘画沥粉贴金，金殿内柱14根，组成18个拱门，整个殿堂雕梁画栋，富丽堂皇，结构独特。大殿的两侧各有一幢石碑，用汉字和波斯文字记述着整个寺院的沿革过程。在木楼的顶端安装着慈禧太后和光绪皇帝钦赐的宝瓶